メダカの飼育水の中にあったらヤバいものって何でしょうか？

ヤゴ、どれだけ悪さをするか未知数だけど数匹ならそんなに害ではないような。
サカマキガイ、好きじゃないけどこれは容器の掃除もしれくれるからヤバくはないですね。

ゴミとか糞とか目に見えるものはその都度取り除けばいい訳で、それほどヤバくはないかもしれません。

ヤバいのは断トツで「アンモニア」です。
人間で言えば毒ガスレベル。
濃度次第では短時間でメダカは死に至ります。
そして問題は目に見えないから知らないうちに増えたりしている事。
澄んだ水だろうがグリーンウォーターだろうが、見た目に関係なくアンモニアは溶け込んでいます。
アンモニアが生体に及ぼす害は、濃度が高くなると「アンモニア中毒」に陥り、メダカの神経系やエラに強いダメージを与え、血中の酸素濃度が下がったり、平衡感覚がやられると言われています。

ならばどうすれば良いのかというと、薬で測定して水の状態を把握するしかありません。
うちで使っているのは「セラ NH4/NH3 アンモニアテスト」という検査キット。
3,000円前後するので少々お高いですが1キットで60回測れますので、1回50円ほど。
可愛いメダカが落ちることを考えたら安いものです。
※画像は計測結果を色で判断しているところです。黄色は安全な数値であることを指しています。

メダカで濾過装置を使う方は少数派だと思いますが、熱帯魚の世界では立ち上げて間がない水槽の濾過装置が機能しているかどうかの目安にも使われています。

濾過装置が正常に働き始めると、アンモニアは濾材に定着した「硝化菌」という菌によって毒性がやや少ない「亜硝酸塩」という物質に変換され、最終的に毒性の少ない「硝酸塩」に変換されます。
亜硝酸塩はアンモニアに比べて毒性は下がりますが、水中に多すぎるとメダカの害になるので主に「アンモニア」と「亜硝酸塩」の状態を把握しておくのが大切です。

メダカの入った容器の中でも水中にいる硝化菌によって生物濾過が行われ、アンモニアは亜硝酸塩に、亜硝酸塩は硝酸塩に変換されますが、飼育水の量とメダカの数がアンバランスであったり、与える餌の量が多すぎたりするとアンモニアや亜硝酸塩の濃度が高くなり危険な状態になります。

そして飼育水のアンモニアによる影響は「水温」と「pH」、「溶存酸素」の関係で大きく変化するんです。
長くなりましたのでそのへんは次回で。